Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, υφίσταται θεσμικά από το 1980. Ιδρύθηκε με Προεδρικό Διάταγμα το Δεκέμβριο του 1980 στα πλαίσια της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης.

Περιλαμβάνει πέντε Τμήματα: Ζωολογικό, Βοτανικό, Ανθρωπολογικό, Παλαιοντολογικό - Γεωλογικό και Ορυκτολογικό. Το Μουσείο διοικείται από τους διευθυντές των πέντε τμημάτων του, οι οποίοι εκλέγουν και τον Πρόεδρο του Διοικητικού Συμβουλίου. Η λειτουργία και η οργάνωση του Μουσείου διέπεται από εσωτερικό κανονισμό, που εγκρίνεται από τη Σύγκλητο του Πανεπιστημίου Κρήτης. Ο ισχύων κανονισμός εγκρίθηκε από τη συνεδρία της Συγκλήτου στις 12/6/87.

Από το 1985 καταβάλλονται μεγάλες προσπάθειες αρχικά για τη δημιουργία και στη συνέχεια για τον εμπλουτισμό και την ταξινόμηση των συλλογών του Μουσείου. Σήμερα οι συλλογές του Μουσείου περιλαμβάνουν δείγματα από την Ελλάδα και τη Μεσόγειο. Ένα μεγάλο τμήμα τους προέρχεται από δωρεές των προσωπικών συλλογών των ερευνητών του Μουσείου. Εκτός από το υλικό που συλλέγεται στα πλαίσια των ερευνητικών προγραμμάτων, κάθε χρόνο οργανώνονται εκδρομές για δειγματοληψίες τόσο στην Ελλάδα όσο και στο εξωτερικό. Σήμερα οι εργαστηριακοί χώροι, οι συλλογές και τα γραφεία φιλοξενούνται στα κτίρια του Πανεπιστημίου Κρήτης στη λεωφόρου Κνωσού. Εκτός από τις συλλογές και τα εργαστήρια, σημαντικός στόχος του Μουσείου υπήρξε και η δημιουργία εκθεσιακού χώρου όπου το κοινό θα είχε την ευκαιρία να έρθει σε επαφή με τις συλλογές του Μουσείου και να ενημερωθεί για το φυσικό περιβάλλον. Για το λόγο αυτό από το 1994 μέχρι το 1997 πραγματοποιήθηκαν πέντε προσωρινές εκθέσεις για το φυσικό περιβάλλον της Κρήτης και του ευρύτερου νησιωτικού χώρου του Αιγαίου.

Η πρώτη έκθεση έγινε τον Μάιο του 1994 στο Φρούριο «Κούλε» του Ηρακλείου, η δεύτερη στο Σίβα (Πυργιωτίσσης) τον Αύγουστο του ίδιου χρόνου, το Μάρτιο του 1995 έγινε η τρίτη έκθεση στο Ρέθυμνο. Η τέταρτη έκθεση έγινε στα ενετικά Νεώρια της πόλης του Ηρακλείου, από τον Ιούνιο έως το Νοέμβριο του 1995. Η πέμπτη έκθεση έγινε στα Νεώρια Χανίων και διήρκεσε από τον Ιούνιο μέχρι τον Αύγουστο του 1997.


Τον Ιούνιο του 1998 πραγματοποιήθηκε ένα μεγάλο άλμα καθώς το Μουσείο ενοικίασε, επισκεύασε και διαρρύθμισε ένα κτίριο 800 τετραγωνικών μέτρων στο Ηράκλειο (λεωφόρος Κνωσού 157) το οποίο λειτούργησε ως εκθεσιακός χώρος, μέχρι τον Ιούνιο του 2005. Στην έκθεση, προσεγγίζεται ο πολύπλοκος από γεωλογική, οικολογική και πολιτιστική άποψη, χώρος της ανατολικής Μεσογείου με ρεαλιστικές αναπαραστάσεις οικοσυστημάτων, εκθέματα από τις συλλογές του Μουσείου, φωτογραφικό υλικό, σχεδιαγράμματα και επεξηγηματικά κείμενα.

Σήμερα το μουσείο στεγάζεται στο κτίριο της παλαιάς ηλεκτρικής Ηρακλείου το οποίο έχει παραχωρηθεί από το Δήμο Ηρακλείου στο Πανεπιστήμιο Κρήτης για το σκοπό αυτό.