Μέσα από σεμινάρια Δια Βίου Μάθησης παρέχεται συνεχιζόμενη περιβαλλοντική εκπαίδευση, κατάρτιση, ευαισθητοποίηση, επιμόρφωση, ειδική πληροφόρηση και σχετικές δραστηριότητες σε περιβαλλοντικά θέματα της ανατολικής Μεσογείου. Αυτά τα προγράμματα, που συνδέουν τη θεωρητική, την πρακτική και την εργαστηριακή γνώση, υλοποιούνται είτε από απόσταση, ή με φυσική παρουσία ή με συνδυασμό τους σε 4 ειδικά εξοπλισμένες αίθουσες στον εκθεσιακό χώρο του μουσείου:
- Αίθουσα Θεωρίας, όπου γίνεται η θεωρητική κατάρτιση, συζήτηση ή παρουσιάσεις στην ολομέλεια των επιμορφούμενων, αλλά και η πρόσβαση στην πληροφορία και τις πηγές βιβλιογραφίας μέσα από το διαδίκτυο.
- Αίθουσα Δραστηριοτήτων, όπου οι εκπαιδευόμενοι, σε ομάδες, μπορούν να καταρτιστούν σε εκπαιδευτικές τεχνικές, όπως παιχνίδια ρόλων, προσομοίωση, κατασκευές, εικαστικά κ.ά.
- Δύο Αίθουσες Εργαστηρίου, εξοπλισμένες με στερεοσκόπια που επιτρέπουν την τρισδιάστατη παρατήρηση ζωικών και φυτικών οργανισμών, πετρωμάτων, απολιθωμάτων κ.ά.
Εφόσον είναι αναγκαίο για την επιμόρφωση ή κατάρτιση, χρησιμοποιούνται και άλλοι χώροι του Μουσείου, όπως π.χ. η Αίθουσα Πολυμέσων, οι χώροι των Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων κ.ά.
Παράλληλα, το εργαστήριο εκπαίδευσης του ΜΦΙΚ συντονίζει το Κέντρο Εκπαίδευσης και Κατάρτισης Ενηλίκων της CETAF (CETAF-DEST), στο πλαίσιο του οποίου σχεδιάζονται και υλοποιούνται μαθήματα εξειδικευμένα με θεματολογία σχετική με συλλογές, μεθόδους πεδίου, ταξινόμηση, βιοποικιλότητα, κ.ά., στα αγγλικά.