Το εργαστήριο Γεωγραφικών Συστημάτων Πληροφοριών (G.I.S.) ουσιαστικά συμπληρώνει και συμπληρώνεται με την ανάπτυξη βάσεων δεδομένων.
Καλύπτει τις ανάγκες του Μ.Φ.Ι.Κ. σε θέματα καταγραφής πληροφοριών που έχουν γεωγραφική διάσταση. Σε αυτό το πλαίσιο, το εργαστήριο κινείται σε δύο άξονες: στη δημιουργία υποβάθρων αναφοράς, κυρίως με την ψηφιοποίηση έτοιμων χαρτών, και στη γεωαναφορά της συλλεγόμενης πληροφορίας.
Για τη δημιουργία των υποβάθρων, το λογισμικό που χρησιμοποιείται είναι το ESRI ArcGIS Desktop 8.2 και οι χάρτες προέρχονται από διάφορες πηγές όπως Γ.Υ.Σ., Ι.Γ.Μ.Ε. κ.ά. ενώ οι κλίμακες που ενδιαφέρουν είναι κυρίως από 1:50.000 και άνω.
Υποστηρίζει όλες τις δραστηριότητες του Μ.Φ.Ι.Κ. και ιδιαίτερα τα ερευνητικά προγράμματα.