Η Διοίκηση του Μουσείου ασκείται από τον Διευθυντή του Μουσείου. Ο Διευθυντής του Μουσείου είναι καθηγητής ή αναπληρωτής καθηγητής της Σχολής Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης με σχετική με το Μουσείο εκπαιδευτική, ερευνητική και διοικητική δραστηριότητα. Ο Διευθυντής εκπροσωπεί το Μουσείο εντός και εκτός Πανεπιστημίου Κρήτης, αποφασίζει για τρέχοντα θέματα λειτουργίας και είναι υπεύθυνος απέναντι στις Πανεπιστημιακές αρχές για τη σωστή λειτουργία, διαχείριση και ανάπτυξη του Μουσείου.
Η λειτουργία και οργάνωση των Εφοριών ασκείται από τους Εφόρους, ενώ των Εργαστηριακών μονάδων από τους Επιστημονικούς Υπεύθυνους.
Οι Έφοροι είναι εξειδικευμένοι επιστήμονες κάτοχοι διδακτορικού τίτλου σπουδών, σχετικοί με το αντικείμενο της Εφορίας που προΐστανται. Οι Έφοροι μπορεί να είναι καθηγητές ή μέλη του λοιπού διδακτικού και εργαστηριακού προσωπικού του Πανεπιστημίου Κρήτης (π.χ. Ε.Δ.Ι.Π. – Ε.Ε.Π.) ή ακόμα επιστήμονες επί συμβάσει ή αποσπασμένοι από άλλα ιδρύματα. Η επιλογή τους γίνεται από τη Σ.Θ.Τ.Ε. μετά από εισήγηση του Διευθυντή και της Επιτροπής Μουσείου. Η θητεία των εφόρων είναι πενταετής με δικαίωμα ανανέωσης ύστερα από νέα απόφαση της Σ.Θ.Τ.Ε.
Οι επιστημονικοί Υπεύθυνοι των Εργαστηριακών Μονάδων είναι εξειδικευμένοι επιστήμονες κάτοχοι διδακτορικού τίτλου σπουδών σχετικοί με το γνωστικό αντικείμενο της Εργαστηριακής Μονάδας που προΐστανται.
English