Εργαστήρια
Στα εργαστήρια του μουσείου εκπονούνται μεταπτυχιακές και διδακτορικές διατριβές του Τμήματος Βιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης χρησιμοποιώντας τις συλλογές, τον εξοπλισμό και τις υποδομές του μουσείου.
Πρακτική
Παράλληλα, το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης δέχεται, υπό προϋποθέσεις, έναν περιορισμένο αριθμό φοιτητών για πρακτική άσκηση μέσω του Πανεπιστημίου Κρήτης και του Συλλόγου «Φίλοι του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας Κρήτης» .