Το Εργαστήριο Οικολογίας & Διαχείρισης Περιβάλλοντος δραστηριοποιείται στην υλοποίηση ευρωπαϊκών και εθνικών προγραμμάτων σε θέματα διαχείρισης περιβάλλοντος, διατήρησης και προστασίας ειδών βιοποικιλότητας και τύπων οικοτόπων, διατήρησης και προστασίας των επιφανειακών υδάτινων οικοσυστημάτων σύμφωνα με την Κοινοτική Οδηγία 60/2000 για το Νερό, περιβαλλοντικής διακυβέρνησης, ενώ παράλληλα πραγματοποιεί δράσεις ενημέρωσης και ευαισθητοποίησης για σειρά περιβαλλοντικών θεμάτων σε εθνικό, περιφερειακό και τοπικό επίπεδο. Επίσης γνωμοδοτεί για Μελέτες Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων (ΜΠΕ) σε περιοχές του Δικτύου NATURA 2000.
Η μεγάλη ποικιλία και ιδιαιτερότητα των οικοσυστημάτων της Κρήτης και της ευρύτερης περιοχής, καθώς και η ανάγκη για την προστασία των οικοσυστημάτων αλλά και των ειδών, μέσα σε ένα χώρο που οι ανθρώπινες δραστηριότητες προκαλούν συνεχείς και έντονες αλλαγές, έχουν διαμορφώσει στο Μ.Φ.Ι.Κ. μια πολύ δραστήρια ομάδα επιστημόνων που δραστηριοποιούνται σε θέματα βασικής οικολογικής έρευνας, αλλά κυρίως σε θέματα διαχείρισης και διατήρησης της βιοποικιλότητας και διατήρησης και προστασίας των επιφανειακών υδάτινων οικοσυστημάτων σύμφωνα με την Κοινοτική Οδηγία 60/2000 για το Νερό.