Το Εργαστήριο Εκπαίδευσης του ΜΦΙΚ – ΠΚ διοργανώνει πιστοποιημένα εκπαιδευτικά προγράμματα για ενήλικες σε συνεργασία με καταξιωμένους επιστήμονες τόσο από την Ελλάδα όσο και από χώρες του εξωτερικού. Στόχος των εκπαιδευτικών προγραμμάτων είναι να προσφέρει την ευκαιρία σε νέους επιστήμονες, φοιτητές ή και πολίτες που ενδιαφέρονται για θέματα Περιβαλλοντικής Βιολογίας να εμβαθύνουν τις γνώσεις τους σε κάποιο εξειδικευμένο θέμα, να αποκτήσουν νέες δεξιότητες, αλλά και να έρθουν σε επαφή με νέα εργαλεία της επιστήμης και της τεχνολογίας. Τα ελληνόφωνα εκπαιδευτικά προγράμματα διοργανώνονται μέσω του ΚΕΔΙΒΙΜ του Πανεπιστημίου Κρήτης, ενώ τα αγγλόφωνα διοργανώνοντα μέσω του CETAF-DEST.