Σκοπός του ΜΦΙΚ είναι:
- Η διατήρηση και ο εμπλουτισμός συλλογών και αρχείων σχετικών με το περιβάλλον της περιοχής δράσης του.
- Η έρευνα για το περιβάλλον της Κρήτης, της Ελλάδας και ευρύτερα της ανατολικής Μεσογείου.
- Η περιβαλλοντική εκπαίδευση, ενημέρωση και ευαισθητοποίηση μέσω της διάχυσης των περιβαλλοντικών γνώσεων σε μαθητές, φοιτητές και κοινό.
- Η υποστήριξη του εκπαιδευτικού έργου του Πανεπιστημίου Κρήτης σε προπτυχιακό και μεταπτυχιακό επίπεδο, καθώς και της επιστημονικής έρευνας του Ιδρύματος.
Για την εκπλήρωση του σκοπού του το ΜΦΙΚ:
- Δημιουργεί, αναπτύσσει, συντηρεί και ψηφιοποιεί συλλογές (γεωλογικές, παλαιοντολογικές, βοτανικές, ζωολογικές, γενωμικές).
- Διατηρεί και αναπτύσσει αρχεία τεκμηρίωσης, όπως μελέτες, επιστημονικές εργασίες, φωτογραφίες, ηχητικά αρχεία και ό,τι άλλο υλικό σχετίζεται με τη διαχρονικότητα του περιβάλλοντος της ευρύτερης περιοχής στην οποία ανήκει.
- Ερευνά και μελετά α) τη βιολογία και οικολογία ειδών, καθώς και τη δομή και λειτουργία των οικοτόπων και οικοσυστημάτων της περιοχής δράσης του με έμφαση σε περιοχές και είδη που χρειάζονται ιδιαίτερη διαχείριση και προστασία β) τη γεωποικιλότητα, τα πετρώματα, τα ορυκτά και τα απολιθώματα.
- Εκτελεί σωστικές ή προγραμματισμένες ανασκαφές, σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία. Στο πλαίσιο των δραστηριοτήτων αυτών και σε συνεργασία με το Τμήμα Βιολογίας, άλλων Τμημάτων του Πανεπιστημίου Κρήτης και άλλων Α.Ε.Ι. της ημεδαπής και της αλλοδαπής εκπαιδεύει προπτυχιακούς και μεταπτυχιακούς φοιτητές.
- Μεταδίδει την περιβαλλοντική γνώση μέσω διαλέξεων, σεμιναρίων και εκπαιδευτικών προγραμμάτων, μέσω της μόνιμης έκθεσης που εδρεύει στο Ηράκλειο και μέσω περιοδικών εκθέσεων.
- Σχεδιάζει και συντηρεί βοτανικούς κήπους, διατηρεί εκτροφεία ζωικών και φυτικών ειδών για τις ανάγκες των εκθέσεων, για ερευνητικούς και εκπαιδευτικούς σκοπούς και την περίθαλψη κινδυευόντων ειδών.
- Υποβάλλει και εκπονεί ερευνητικά και εκπαιδευτικά προγράμματα, καθώς και μελέτες που συνάδουν με τους σκοπούς και τους στόχους του Μουσείου.
- Παρέχει υπηρεσίες σε φορείς του δημοσίου και ιδιωτικού τομέα.
Το Μουσείο διατηρεί μόνιμους εκθεσιακούς – εκπαιδευτικούς χώρους στο Ηράκλειο Κρήτης. Στη μόνιμη έκθεση του Μουσείου προβάλλονται οι ιδιαιτερότητες του κρητικού περιβάλλοντος σε σχέση με την υπόλοιπη Ελλάδα και την ανατολική Μεσόγειο. Η έκθεση έχει εκπαιδευτικό χαρακτήρα και απευθύνεται σε μαθητές, φοιτητές και κοινό. Παράλληλα με την έκθεση, λειτουργεί και το Κέντρο Περιβαλλοντικής Κατάρτισης (ΚΕ.ΠΕ.ΚΑ.) με στόχο την περιβαλλοντική εκπαίδευση μαθητών, φοιτητών και διαφόρων κατηγοριών εργαζομένων και ανέργων.
Το ΜΦΙΚ είναι το μοναδικό μουσείο φυσικής ιστορίας της Ελλάδας που είναι μέλος της CETAF (Consortium of European Taxonomic Facilities) και συμμετέχει σε μια από τις μεγαλύτερες ερευνητικές υποδομές στην Ευρώπη, DiSSCo (Distributed System of Scientific Collections – Κατανεμημένο Σύστημα Επιστημονικών Συλλογών) που αποτελεί ήδη ένα από τα προγράμματα του Ευρωπαϊκού Forum Στρατηγικής για τις Ερευνητικές Υποδομές ESFRI. Το DiSSCo αντιπροσωπεύει τη μεγαλύτερη επίσημη συμφωνία κατόχων Συλλογών Φυσικής Ιστορίας (ΣΦΙ) στον κόσμο. Στην Ελλάδα το DiSSCo έχει λάβει επιστολή στήριξης από την αρμόδια για θέματα Ερευνητικών Υποδομών, ΓΓΕΤ. Το ΜΦΙΚ έχει οριστεί ως ο Εθνικός Αντιπρόσωπος στις παραπάνω συμπράξεις, ηγούμενο της αντίστοιχης ελληνικής σύμπραξης, η οποία αριθμεί πολυάριθμους εταίρους (ελληνικά ΑΕΙ, και μουσεία/φορείς που διατηρούν ΣΦΙ).